В Беларуси сейчас два штамма коронавируса - европейский и иранский

14 апреля 2020
Общество

Несколько дней назад в глобальную базу данных GISAID попали два вирусных генома из Беларуси, секвенированные из образцов, собранных РНПЦ эпидемиологии и микробиологии.

У ученых есть генетические и эпидемиологические признаки, которые позволяют с достаточной степенью точности определять, как распространяется вирус.
В Беларуси сейчас, скорее всего, циркулируют два штамма (или, точнее, субпопуляции), которые можно назвать «европейской» и «иранской». Об этом TUT.BY рассказал профессор и замдекана по магистратуре и аспирантуре на факультете Computer Science в Университете штата Джорджия минчанин Павел Скумс, 
получивший кандидатскую степень по теоретической информатике в БГУ в 2007 году. 

Павел занимается исследованиями в сфере биоинформатики, вычислительной геномики, молекулярной эпидемиологии, математического моделирования, теории графов и сложных сетей, причем в области биологии его исследования сосредоточены на изучении эпидемиологии и эволюции РНК-вирусов c высокой скоростью накопления мутаций.

Глобальный граф трансмиссий и место белорусских геномов в нем представлены на рисунке (белорусские геномы выделены оранжевым и обозначены вершинами большего размера).

График предоставлен Павлом Скумсом

По словам ученого, «европейская» последовательность (на рисунке сверху) очень близка к одному из доминантных геномов коронавируса, который был отсеквенирован в ряде стран Европы, например во Франции, Италии, Чехии, Нидерландах, Германии.

"Это говорит, что наш вариант был привезен из Европы и что он является производным от европейского типа. Вторая белорусская последовательность (на рисунке снизу) находится в одном кластере с последовательностями из Австралии, Новой Зеландии, Пакистана и еще ряда стран.

Казалось бы, какая здесь связь с Беларусью? Но дело в том, что для целого ряда последовательностей из этого кластера известно, что их носители в какой-то момент прибыли из Ирана.

Иран до сих пор не предоставил ни одного полноразмерного генома SARS-CoV-2, но, учитывая эту информацию, мы можем предположить, что этот кластер — ответвление пока что невидимого для нас большого иранского кластера. Таким образом, и белорусская последовательность — скорее всего, потомок иранского варианта. Насколько я знаю, эти выводы соответствуют тому, что известно нашим эпидемиологам на основании других источников", - рассказал Павел Скумс.

По его словам, эволюция коронавируса SARS-CoV-2 пока что мало понятна. "Мы сейчас пытаемся посчитать, есть ли какая-нибудь разница в фенотипических свойствах вируса, эволюционирует ли он, например, в сторону большей или меньшей инфективности либо же имеет место быть то, что называется «нейтральной эволюцией». Надеемся, что со временем что-то прояснится", - сообщил ученый.

Поделиться: